Sezon lęgowy rybitwy czarnej przypada na maj–czerwiec w Europie i Ameryce Północnej.
Kolonie lęgowe
Rybitwa czarna gniazduje w koloniach liczących zazwyczaj mniej niż 20 par, rzadko ponad 100. Predacja jest najwyższa w małych koloniach. Zazwyczaj gniazdo znajduje się nad wodą, na pływających kępach roślinności lub połamanych trzcinach. Gnieździ się w koloniach liczących od kilku do kilkuset par.
Gniazdo i jaja
Gniazdo jest płaskim kopcem z przegniłej i świeżej roślinności, zwykle na wodzie. Samica składa 2–3 jaja. Jaja wysiadywane są przez okres 14–23 dni przez oboje rodziców. Samiec wysiaduje rzadziej, ale rekompensuje to karmieniem samicy.
Pisklęta
Pisklęta mają rudawożółty puch usiany w czarne plamki. Opuszczają gniazdo jedynie w razie niebezpieczeństwa. Rodzice wychowują młode wspólnie i karmią je nawet po uzyskaniu przez nie zdolności do lotu. Zdolność do lotu osiągają po 4 tygodniach.